最先端の構造生命科学講座:単粒子解析ワークショップ - Relion2 等を使い、理解しよう:実践と理論 -

今回、生体解析分科会では、最近の単粒子解析で使われている Relion2 等を、取得した画 像から、三次元再構成像まで、実際に利用して頂き、この分野の拡がりを期待したい。

加えて、難解と言われる Relion の原著論文、ソースコードを読み解き、利用する上での注意事 項等を議論できればと考えている。

初心者の方、利用を検討されている方はもちろんのこと、既に利用されているユーザーの 方々にも集まって頂き、その利用方法等を是非とも共有できる場になればと考えている。

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参加者は40名以内を想定しています。現在、27名となっております。先着順とさせて頂き、応募者多数の場合は、4月以降に改めて実施する事を検討したいと思います。

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日時:2017 年 3 月 21 日、22 日

場所:京都大学・東京オフィス・大会議室 A/B
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/tokyo-office
新丸の内ビルディング 10 階

プログラム

21 日(第一日目)

10:30-10:40 開会の辞

10:40-12:00 単粒子解析実践 I(初心者、利用予定者向け)
とにかく電子顕微鏡像から3次元像を出してみよう。Relion2を使ってデモデータから三次元像をつくり出し、表示してみる。

【昼食会】(お弁当を食べながらの情報交換の時間です。)

13:30-15:00 単粒子解析理論 I
Relon2 等に関する三次元再構成法基礎。Relionの原著論文にあたり、どのような三次元再構成法を行っているかを読み解いてみましょう。

15:30-17:00 単粒子解析実践 II(利用者のユーザー会)
実際に使っている方々を含めて、パラメータ等の用い方等の情報を 提供し、利用しているツール等の情報を持ち合って情報交換を行いながら、適切なソフトウェアの使い方を身につけよ。初心者の方でも参加できます。質問をぶつけてみましょう。

18:00-20:00 情報交換会

22 日(第二日目)

10:30-12:00 単粒子解析実践 III(初心者、利用予定者向け)
インストール方法(Relion2、及び、他のツール)
参加人数等に応じて、実施内容を一日目と共有し、グループ化する事とします。

【昼食会】(お弁当を食べながらの情報交換の時間です。)

13:30-14:50 単粒子解析理論 II
Relon2 等に関する三次元再構成法基礎です。一日目の内容をこなした方に対しては余裕があれば、ソースコードも読み解くことを試みてみましょう。

14:50-15:00 閉会の辞(中締)

15:30-17:00 単粒子解析実践 IV(利用者含)
実際に使っている方々を含めて、利用しているツール等の情報を持ち合って 情報交換を行います。人数に応じて、モデリングに関わる情報交換等を行います。

※備考:参加人数、及び、経験等により、班分け、内容を変更して実施することも検討 しています。


参 加 費:会員 5,000 円 非会員 10,000 円
情報交換会 参加費: 一般 5,000 円 学生 3,000 円
お弁当代(昼食)1,000 円/食


参加希望の方は、下記の内容をメールにて送付下さい。

連絡先:itoh@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp
タイトル:顕微鏡学会 WS201703
参加申込み 内容:
-- ここから --
氏名:
連絡先(メールアドレス):
所属学会:(連携学会(生物物理学会)は会員扱いとなります。)
身 分:会員(一般)、会員(学生)、非会員(一般)、非会員(学生) ※いずれかを残して下さい。
所 属:(大学名、企業名等を記述下さい)
参加予定のイベントに○、参加しないイベントに×のいずれかを残して下さい。
21 日(第一日目)
単粒子解析実践 I ○ ×
昼食会 ○(弁当付) ○(弁当無) ×
単粒子解析理論 I ○ ×
単粒子解析実践 II ○ ×
情報交換会 ○ ×
22 日(第二日目)
単粒子解析実践 III ○ ×
昼食会 ○(弁当付) ○(弁当無) ×
単粒子解析理論 II ○ ×
単粒子解析実践 IV ○ ×

支払い予定額
参加費: 円
情報交換会参加費: 円
お弁当代: 円× 食 計: 円

備考欄:
※当日、現金にて徴収し、領収書をお渡しする予定です。
それ以外をご希望の方はここに記述の上、ご連絡下さい。
-- ここまで --

平成28年度・生体解析分科会・意見交換会のお知らせ

平成28年度・生体解析分科会・意見交換会のお知らせ

生体解析分科会では、電子顕微鏡・光学顕微鏡を利用して、
生体、生体材料、生体機能材料等の解析を行っている研究者・開発者を対象に
先端で行われている解析・計測方法の情報提供や意見交換の場を設けています。

今年度は、下記にて、年会を開催予定です。海外で活躍されている研究者も
お招きし、位相版や単粒子解析などの話題提供をお願いしています。また、
当分科会で紹介したい情報や若手研究者の発表の場とした方からの積極的な
ご提案も歓迎しております。

加えて、今回は、次世代顕微サイエンス若手研究部会、
生命科学技術コンソーシアム研究部会とも共同開催とさせて頂き、今後の日本の
顕微鏡分野における若手支援の在り方、また、研究支援・材料開発支援等の
在り方についても討論する場とさせて頂ければと思います。

年末のお忙しい時期とは存じますが、是非ともご参加頂き、ご議論でき、
意見交換できる場となることを期待しております。

ーーー 記 ーーー

日時:平成28年12月26日〜28日
場所:霧島観光ホテル
〒899-6603 鹿児島県霧島市牧園町高千穂3885
電話番号:0995-78-2531

話題提供者
海外講演者
福田善之博士(Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany)
Dr. Radostin Danev(Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany)
諸根信弘博士(University of Leicester)

ー スケジュール ー

12月26日(月):
13時 受け付け開始
13時30分〜17時30分 セッション1:新しい電子顕微鏡技術の紹介

1.福田善之
(Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany)
In situ structural studies of macromolecular complexes by cryo-electron tomography with Volta phase plate
2.Radostin Danev
(Max Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany)
Single particle analysis with the Volta phase plate

休憩
3.石原あゆみ
(Leica Microsystems)
「クライオCLEMワークフローの最新情報ご紹介」

4.三尾和弘
(産業技術総合研究所)
「分子内部運動解析からの創薬や薬剤評価の可能性」

意見交換会

12月27日(火):
9時〜12時 セッション2 現在の技術動向を読み解く

1.伊藤喜子(Leica Microsystems)
電子顕微鏡試料作成技術の提供

2.宮澤淳夫(兵庫県立大学)
クライオ技術の将来性

3.諸根信弘
(University of Leicester)

4.髙﨑寛子・安永卓生(九州工業大学)
単粒子解析のアルゴリズム/RELIONの実践と理論

午後 工場視察  “微生物発酵生産現場における顕微鏡法の利用実態の調査”
(霧島酒造:貸し切りバスで、片道約1時間)


12月28日(水):
9時半〜12時: セッション3 将来の電子顕微鏡分野の在り方について
生体解析分科会
次世代顕微サイエンス若手研究部会、
生命科学技術コンソーシアム研究部会

昼食後・解散。 時間に合わせて、霧島神宮駅までバスで送迎、
もしくは、鹿児島空港まで。

詳細は、決定次第、http://www.biostructure.jp/ に公開予定です。

ーーー 参加費等(当日徴収予定) ーーー

ホテル等の予約の関係があり、予め、下記のフォーマットに従い、
参加申込みをお願い頂ければ幸いです。参加費等は当日での支払いとさせて頂きますが、
予めの支払いをご希望の方は、事務担当の伊藤までご連絡頂きますと支払先をご連絡
致します。

ーーー

生体解析分科会参加費:
会員及び講演者:5,000円
学生: 無料
非会員参加者(講演者除く):10,000円
(なお、生物物理学会員に関しては、顕微鏡学会員として取り扱います)

意見交換会参加費:

(12月26日に霧島観光ホテルに宿泊予定の方)
一般:4,000円
学生:2,000円

(12月26日の宿泊予定でない方)
一般:9,500円
学生:7,500円

工場見学参加費(昼食付+バス代等含む)
大人:2,500円

霧島観光ホテルにてご宿泊希望の方。
宿泊費:
宿泊代2食付+入湯税/1泊 :10,950円(4名一室)
宿泊代2食付+入湯税/1泊 :12,030円(2名一室)
宿泊代2食付+入湯税/1泊 :15,270円(1名一室)
宿泊別、26日の夕食のみ一緒: 未定

ーーー参加申込みーーー

ホテルの予約、及び、資料等の準備の関係がありますので、予め参加のご連絡を頂ければ幸いです。
締め切り時期を過ぎてからのお申し込みは受付が困難になる場合もございますので、出来るだけ早期でのご連絡をお願いします。
また、宿泊予定等が変更になった方はできるだけ早期にご連絡下さい。キャンセル料が発生する場合がございます。

参加締め切り:平成28年12月11日(日曜日)

参加ご希望の方は、下記までご連絡を下さい。参加自身は自由ですが、宿泊が準備できないかもしれません。ご容赦下さい。

申込み先:

生体解析分科会事務局:九州工業大学情報工学部生命情報工学科 安永研究室内
伊藤典子 itoh@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp

下記の申込み内容を記述の上、ご送信下さい。

ーーー ここから ーーー

氏名:
所属:
連絡先(電子メール、もしくは、連絡可能な住所):
身分:会員一般、非会員一般、会員学生、非会員学生
(いずれかを残して下さい)
所属学会:顕微鏡学会、生物物理学会、両者のいずれでもない
(いずれかを残して下さい)

参加・宿泊予定:○(参加)、×(しない)のいずれかを残して下さい。

分科会・参加: ○、×
研究交流会・参加: ○、×
工場見学: ○、×

(他のホテルに宿泊予定の方は、×として下さい)
26日 宿泊: 4名Ⅰ室、2名1室、1名1室、×
27日 宿泊: 4名Ⅰ室、2名1室、1名1室、×

支払い予定額:
参加費:
宿泊費:

ワークショップ2013(トモグラフィー)のお知らせ

ワークショップ2013(トモグラフィー)の開催

生体解析分科会では、電子顕微鏡画像処理法に関するワークショップを継続的に掲載しています。今年度、第2回目のワークショップとして、ワークショップ2013(トモグラフィー)と称して、実際に、電子顕微鏡での撮影方法も含め、電子線トモグラフィー法に関するワークショップを下記の日程で開催いたします。 奮ってご参加下さい。 日時:2014年3月17日-18日 場所:福岡県飯塚市(九州工業大学情報工学部) 〒820-8502 福岡県飯塚市川津680−4 tel 0948-29-7826 ワークショップ内容 第一日目(17日):10時~18時

  • 電子線トモグラフィーの基礎
  • 電子顕微鏡を用いた傾斜シリーズの撮影

情報交換会:19時〜 第二日目(18日):10時~18時

  • 電子顕微鏡を用いた傾斜シリーズの撮影
  • 傾斜シリーズからの3次元再構成

利用する電子顕微鏡・画像処理システム:
FEI Spirit (Inspect3D) / JEM2100(TEMography / eTomo / Eos

参加費(当日徴収):

顕微鏡学会会員   学生:  3,000円  一般:10,000円
顕微鏡学会非会員  学生:10,000円  一般:20,000円
情報交換会(参加費(予定))学生: 3,000円 一般: 5,000円

必要なもの:
演習のためのノートPC (30GB以上の空きがあることを確認して下さい。) VMwarePlayerをインストールして、その上に演習環境を構築します。

定員:10名程度

申込み先: 九州工業大学情報工学部生命情報工学科 安永卓生:yasunaga@bio.kyutech.ac.jp

電子メールにて、下記の内容を送信下さい。

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名前:

所属:

会員・非会員(いずれかを残して下さい)

学生・一般(いずれかを残して下さい)

住所:

電子メール:

持参されるノートPCの情報

Windows/Mac/Linux(いずれかを残して下さい。)

バージョン

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ワークショップ2013(画像処理・単粒子解析)のお知らせ

ワークショップ2013(画像処理・単粒子解析)の開催

生体解析分科会では、電子顕微鏡画像処理法に関するワークショップを継続的に掲載しています。今年度は、ワークショップ2013(画像処理・単粒子解析)と称して、電子顕微鏡の画像の意味とその補正、汎用の画像処理、単粒子解析を中心にして、電子顕微鏡画像処理に関するワークショップを下記の日程で開催いたします。

奮ってご参加下さい。

日時:2014年2月20日-21日
場所:東京・高田馬場(ライカマイクロシステムズ)
〒169-0075 東京都新宿区高田馬場1-29-9 tel 03-6758-5650

ワークショップ内容
第一日目(20日):10時~18時

  • 画像処理システムのインストール
  • 一般的な画像処理(CTFの補正、ノイズ除去など)
  • 電子顕微鏡画像の基礎(講義)
  • 電子顕微鏡画像の処理方法(演習)
  • 2次元画像処理
  • 単粒子解析の基礎1(講義)
  • 単粒子解析演習1(演習)

情報交換会:19時〜

第二日目(21日):10時~18時

  • 3次元再構成
  • 単粒子解析の基礎2(講義)
  • 単粒子解析演習2(講義)

参加費(当日徴収):
顕微鏡学会会員
学生: 3,000円
一般:10,000円
顕微鏡学会非会員
学生:10,000円
一般:20,000円

情報交換会(参加費(予定))
学生: 3,000円
一般: 5,000円

必要なもの:
演習のためのノートPC
(30GB以上の空きがあることを確認して下さい。)
VMwarePlayerをインストールして、その上に演習環境を構築します。

定員:10名程度

申込み先:
九州工業大学情報工学部生命情報工学科
安永卓生:yasunaga@bio.kyutech.ac.jp
電子メールにて、下記の内容を送信下さい。

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名前:
所属:
会員・非会員(いずれかを残して下さい)
学生・一般(いずれかを残して下さい)
住所:
電子メール:
持参されるノートPCの情報
Windows/Mac/Linux(いずれかを残して下さい。)
バージョン

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JSM-BA & MPFI Joint-Seminar 2013 のお知らせ

JSM-BA & MPFI Joint-Seminar 2013が開催されます。

日時:2013年12月26日(午後)〜27日(終日)
場所:MPFI(Max Planck Florida Institute for Neuroscience)
One Max Planck Way, Jupiter, FL 33458 USA
主催:日本顕微鏡学会・生体解析分科会(世話役:安永卓生(九州工業大学))
共催:Electron Microscopy Facility, Max Planck Florida Institute for Neuroscience (Leader: Naomi Kamasawa)

オーラルセッションでの発表を募集しています。発表希望の方、参加希望の方、詳細は、Joint-Seminar-2013を参考にして下さい。

 

「分子を視る、細胞を視る、生き物を考える。異分野交流合同セミナー」

「分子を視る、細胞を視る、生き物を考える。異分野交流合同セミナー」

共催:北海道大学・理学部、日本顕微鏡学会・生体構造解析分科会

日本顕微鏡学会第56回シンポジウムが北海道大学にて開催されるのに合わせて、生体構造解析分科会の平成24年度の研究討論会を北海道大学理学部と共催で、異分野交流合同セミナーとして開催いたします。北海道大学理学部の蛍光顕微鏡法を主体としたライブイメージング研究者と、生体構造解析分科会関係者の電子顕微鏡法による微細構造研究者が一堂に会して、それぞれの立場から討論を行い、雪の舞い散る札幌にて交流を温めたいと考えています。みなさまのご参加を心よりお待ちしております。

日時 : 2012年(平成24年)11月21日水曜日、14:00~17:55

場所 : 北海道大学・理学部・大講堂(5号館低層棟203室:定員250名)

オーガナイザー : 北海道大学・藤田知道(tfujita@sci.hokudai.ac.jp)

兵庫県立大学・宮澤淳夫(atsuo@sci.u-hyogo.ac.jp)

参加費 : 無料

合同セミナー・プログラム

14:00~14:30 理化学研究所・川本晃大

「FIB-SEMおよびcryo STEMトモグラフィーによる細胞内オルガネラの構造解析」

14:30~15:00 北海道大学・北川宗典、藤田知道 

「ライブイメージングによる細胞レベルでの高分子の細胞間輸送制御の解析」

15:00~15:20 北海道大学・寺内真、長里千香子、伊藤利章、岡征子、本村泰三

「褐藻シオミドロにおける細胞壁の微細構造観察とプロテオーム解析」

休憩

15:30~16:00 京都大学・諸根信弘

「カベオラダイナミクス:免疫ディープエッチ電子顕微鏡法による可視化解析」

16:00~16:30 北海道大学・福井彰雅

「ツメガエル中内胚葉細胞の集団運動に対するSDF-1情報伝達の役割」

16:30~17:00 北海道大学・武藤秀樹

「蛍光相互相関分光法によるオーキシン信号伝達因子の細胞内定量的相互作用解析」

17:00~17:30 トーマスジェファーソン大学・横山武司

「低温電子顕微鏡法による単粒子解析が解き明かすリボソーム再生過程の全体像:

翻訳終結後複合体内におけるリボソーム再生因子(RRF)の動きとリボソームの構造変化」

17:30~17:55 総合討論

18:00~ 意見交換会

★ 意見交換会にご参加希望の方は、北海道大学・藤田知道先生までに、11月14日までに御連絡下さい。

2012年度 生体構造解析分科会セミナーの開催のお知らせ

日本顕微鏡学会・生体構造解析分科会では、年に1度、
この分野の研究者を集めてセミナーを開催しています。
今年度は、日本顕微鏡学会第56回シンポジウムの翌日
札幌での開催を予定しています。

日時:2012年11月21日 9時~18時
場所:ホテルサンルート札幌

詳細は、追って情報提供していきます。

上記の件、変更になりました。次のご案内をご覧下さい。

 http://www.biostructure.jp/log/2012/10/%E3%80%8C%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%92%E8%A6%96%E3%82%8B%E3%80%81%E7%B4%B0%E8%83%9E%E3%82%92%E8%A6%96%E3%82%8B%E3%80%81%E7%94%9F%E3%81%8D%E7%89%A9%E3%82%92%E8%80%83%E3%81%88%E3%82%8B%E3%80%82%E7%95%B0/

日本顕微鏡学会シンポジウムにて、本分科会関連セッション開催予定

日本顕微鏡学会シンポジウムにて、本分科会関連セッションが開催予定です。

シンポジウムの開催は、

テーマ:「ソフト・ハードマターの多様性を観る」
会期:2012年11月19日(月)-20日(火)
会場:北海道大学学術交流会館(〒060-0811札幌市北区北8条西5丁目)
実行委員長:石政 勉(北海道大学)
プログラム委員長:大貫 惣明(北海道大学)

となっています。この中で、
20日の午後に、当分科会関連のセッションがもたれます。内容は、最近の生物構造解析法の進展に関する話題の提供予定です。

話題提供者は以下の方々です。

13:00-16:00 生命の構造を探る電子顕微鏡法の最前線

1.西野有里(兵庫県立大学、SPRING8)
2.金明月 (九州工業大学)
3.伊藤喜子(ライカ)
4.宮崎直幸(生理学研究所)
5.青山一弘(日本FEI/大阪大学)
6.太田啓介(久留米大学)

詳しくは、シンポジウムHPをご覧下さい。
http://www.eng.hokudai.ac.jp/labo/microscopy56/

単粒子ワークショップ2012開催のお知らせ

単粒子解析ワークショップ2012の開催

生体構造解析分科会では、電子顕微鏡画像処理法に関するワークショップを継続的に掲載しています。今年度は、単粒子ワークショップ2012と称して、単粒子解析を中心にして、電子顕微鏡画像処理に関するワークショップを下記の日程で開催いたします。奮ってご参加下さい。
日時:9月10日-11日
10日:10時~18時
11日:10時~18時

場所:東京・白金(ライカマイクロシステムズ) 詳細は追って御連絡します。

  ライカ マイクロシステムズ 東京本社
  〒108-0072 東京都港区白金1-27-6 白金高輪ステーションビル6F
  交通: 地下鉄南北線、三田線「白金高輪駅」下車 3番出口

地図:Map of LMKK (白金高輪)_UM

セミナー室

 

 

 

 

 

 

 

持ち寄るもの:ノートパソコン(OS−Xが望ましいが、Windowsでも可)
参加費: 日本顕微鏡学会会員    5,000円
非会員  20,000円
参加人数:10名程度を予定

スケジュール

1日目(9月10日)
10:00-10:50 全体説明、2日間の流れ、画像処理(導入)
11:00-12:00 演習環境の設定
昼食
13:30-14:00 電子顕微鏡画像の成り立ち
14:00-14:30 画像の補正(CTF補正)・演習
14:30-15:00 画像の切り出し・演習
休憩(調整):30分
15:30-16:20 トピックス・講演
休憩
16:30-17:30 2次元画像の主成分分析、クラスタリング、平均化・講義
17:30-18:00 2次元画像の主成分分析、クラスタリング、平均化・演習

2日目(9月11日)
10:00-10:30 昨日の計算結果等の確認
10:30-11:00 参照像のある構造の投影角の決定方法・講義(相関話)
11:00-12:00 角度決定の演習
昼食
13:30-14:00 三次元再構成法・講義
14:00-14:30 投影角の決定、3次元再構成の演習
休憩(調整):30分
15:30-16:20 トピックス・講演
休憩
16:30-18:00 演習予備、アンケート
続きを読む

電子線結晶学による膜蛋白質の高分解能構造解析

2012年度日本顕微鏡学会年会にて、チュートリアルセッションが開催されます。内容は以下の通りです。奮ってご参加下さい。
なお、開催の詳細は下記の年会HPをご覧下さい。

年会HP:http://www.microscopy.or.jp/conf2012/index.html

日時:2012年5月14日(月曜日)9:30−12:00
場所:つくば市 国際会議場 (茨城県つくば市竹園2-20-3)B会場

プログラム内容

  1. 14Bam_T1-1(指)(30) KATPチャネル複合体の単粒子解析
    Single particle analysis of KATP channel complex
    木村 泰久1,菅野 亮2,松尾 道憲1,木岡 紀幸1, 光岡 薫3,加藤 博章4,植田 和光1, 5
    (1京都大学大学院農学研究科 ,2ハ?イオ産業情報化コン ソーシアム,3産業技術総合研究所,4京都大学大学院薬学 研究科,5京都大学 iCeMS)
  2. 14Bam_T1-2(指)(30) 膜タンハ?ク質の二次元結晶化とコネキシン 26 の電子線結晶構造解析
    Two-dimensional crystallization of membrane proteins and connexin26 structure
    大嶋 篤典1
    (1名古屋大学 細胞生理学研究センター)
  3. 14Bam_T1-3(指)(30) マルチ・サフ?ユニット複合体の二次元結晶化: 例と挑戦
    2D crystallization of multisubunit membrane complexes: examples and challenges
    Gerle Christoph1
    (1京都大学)
  4. 14Bam_T1-4(指)(30) 電子線結晶構造解析のための試料作製技術
    Specimen preparation for electron crystallographic data collection
    刑部 伸彦1
    (1ハ?イオ産業情報化コンソーシアム(JBIC))
  5. 14Bam_T1-5(指)(30) 電子線結晶学における画像解析
    Image processing in electron crystallography
    平井 照久1
    (1理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター)